CD kierowane jest przez Dyrektora, któremu podlegają:

• Zespół Administracyjny (ZA) prowadzący obsługę administracyjną CD

• Centrum Transferu Technologii (CTT) odpowiedzialne za działalność promocyjną (targi, wystawy, kontakty z przedsiębiorstwami i izbami gospodarczymi) i wdrożeniową (transfer technologii do przedsiębiorstw). CTT angażuje się w ochronę praw własności intelektualnej poprzez fachową pomoc w uzyskiwaniu praw patentowych, udzielaniu licencji lub sprzedaży tychże praw

• Centrum Szkoleniowo-Edukacyjne (CSE) odpowiedzialne za działalność szkoleniowo-edukacyjną. Część edukacyjna działalności CSE dotyczy koordynowania staży studentów polskich i zagranicznych uczelni i szkół oraz kreowania polityki podnoszenia kwalifikacji pracowników CD. W Centrum są przygotowywane dyplomy magisterskie i prace doktorskie. Eko-Nukleon jest centrum szkoleniowym w ramach Projektu Marie Curie Host Fellowships for Transfer of Knowledge, realizowanym przez 4 lata. Planowane są działania szkoleniowe obejmujące warsztaty dla przedsiębiorców i odbiorców rozwiązań opracowanych w CD

• Pion Badawczo-Wdrożeniowy zajmujący się prowadzeniem badań, opracowywaniem nowych technologii i wdrażaniem ich w gospodarce

Działalność badawczo-wdrożeniowa Centrum realizowana przez 4 laboratoria nadzorowana jest przez Dyrektora. Polityka i strategia kreowana jest przez Zarząd Centrum, który podejmuje również decyzje w sprawach kluczowych mających na celu efektywną i innowacyjną realizację działalności CD zaproponowaną w programie badawczym.